Пятилетний Сосукэ находит на берегу маленькую рыбку, застрявшую в стеклянной банке. Он освобождает её и даёт имя Поньо. Для мальчика, живущего в прибрежном городке с мамой, это просто спасение крошечного существа. Но сама Поньо - дочь морского колдуна и богини, и её возвращение в океан запускает цепь событий, грозящих нарушить хрупкое равновесие мира. Она привязывается к Сосукэ и мечтает стать человеком, чтобы остаться с ним навсегда. Её желание оказывается сильнее законов природы, и за него
Горо Нанасэ и Кюсаки Гокурэ ведут частное сыскное агентство. К ним приходит мужчина с просьбой найти дочь, пропавшую месяц назад. Дело кажется рутинным, но вскоре детективы понимают, что исчезновение девушки связано с системой, где люди добровольно отказываются от имени и прошлого. Герои выходят на след подпольного сообщества, которое предлагает «перерождение» взамен на полное исчезновение из прежней жизни. Каждая новая зацепка ведёт к людям, которые заплатили за возможность начать всё с нуля.