Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль снова выходят на улицы Нью-Йорка. Черепашки-ниндзя отбивают атаки клана Футов и их главаря Шредера. В городе появляется мутирующее вещество мутаген, и под его действием рождаются страшные мутанты Токка и Разар. Теперь под угрозой не только привычные пиццерии и канализации, но и все жители города. Эйприл О’Нил, профессор Джордан Пери и разносчик пиццы Кено помогают героям в панцирях. Им нужно остановить распространение мутагена, пока зелёная слизь не
Эйприл находит на распродаже старинный японский скипетр в подарок Сплинтеру. Артефакт оказывается машиной времени, которая переносит её в феодальную Японию 1603 года. Черепашки бросаются следом, но попадают прямо в центр сражения, а Микеланджело с волшебным скипетром теряется в суматохе. Героям нужно отыскать Эйприл и вернуть скипетр, чтобы вернуться домой. В современном Нью-Йорке тоже неспокойно, и времени на раздумья почти нет. Черепашкам приходится разбираться с местными порядками и военными